バクテリア細胞質の全原子分子動力学計算 | 理化学研究所
要旨 理化学研究所（理研）杉田理論分子科学研究室の杉田有治主任研究員、理論科学連携研究推進グループの優乙石研究員と米国ミシガン州立大学のマイケル・ファイグ教授らの国際共同研究グループ※は、バクテリア[1]の細胞質[2]の全原子モデルを作成し、スーパーコンピュータ「京」[3]を用いた大規模分子動力学計算[4]によって、細胞質中での生体分子の複雑な挙動を原子レベルで解明しました。 細胞内の細胞質は、体積の約70％が水で占められています。残りの30％はリボソーム[5]などの超分子、タンパク質やRNA（核酸）などの生体高分子、アデノシン三リン酸（ATP）やアミノ酸などの代謝物、イオンで占められています。このような分子で混み合った環境（細胞内分子混雑環境）での生体分子の構造、動態、機能発現のメカニズムは、実験的にも理論的にも解明が難しく、原子・分子レベルの解像度では十分に理解されていませんでした。
共同発表：水をくんで調べれば、生息する魚の種類が分かる新技術を開発～魚類多様性の調査にもビッグデータ解析時代の到来～
水をくんで調べれば、生息する魚の種類が分かる新技術を開発 ～魚類多様性の調査にもビッグデータ解析時代の到来～ ポイント 海や川などに生息する魚の種類を調べるには大きな労力と費用がかかっていた。 環境ＤＮＡから魚種を判定できる技術を開発し、その性能を水族館で検証した。 将来、魚を捕獲せずに魚類多様性のモニタリングが可能になる。 ＪＳＴ 戦略的創造研究推進事業（ＣＲＥＳＴ）の一環として、千葉県立中央博物館の宮 正樹 主席研究員、東北大学、東京大学、沖縄美ら島財団、神戸大学、龍谷大学、北海道大学からなる研究グループは、魚から体表の粘液や糞などとともに水中に放出されたＤＮＡ（環境ＤＮＡ）を分析することによって、ＤＮＡを放出した魚の種類を判定する技術を開発しました。 海や川や湖沼に生息する魚の種類を調べるには、水中に潜って魚を観察したり、網などの漁具を使って魚を捕るなど、多大な労力と費用がかかる上に
“バケツ１杯”の水で魚の種類一度に特定 NHKニュース
海や川で採取したバケツ１杯分の水を分析するだけで、そこに生息している魚の種類を一度に特定できる新たな技術を、千葉県立中央博物館などの研究グループが開発し、海や川での生態系の研究を加速させる画期的な技術として注目されています。 千葉県立中央博物館の宮正樹主席研究員らのグループは、魚のＤＮＡの情報を解析しやすくする特殊な液体を開発し、海や川の水を処理したものに加えて専用の機器にかければ、５０００種類分のデータベースと照合して、最短２日間で、そこに生息している魚の種類を一度に特定できるようになりました。 研究グループが沖縄県の水族館で実験したところ、水槽にいる１８０種類の魚のうち９０％以上に当たる１６８種類の魚を特定できたということで、海や川での生態系の研究を加速させる画期的な技術として注目されています。 宮主席研究員は、「海や川に生息する生き物を地球規模できめ細かく調べられるようになり、いわば
世界一大きい花の臭いの話: たゆたえども沈まず-有機化学あれこれ-
筑波実験植物園のオオショクダイコンニャクが先日開花したそうです。 筑波実験植物園コンニャク日記 なんじゃそりゃと思うかもしれませんが、この熱帯雨林原産の花、地面に出てる部分がほぼ花(正確には小さい花の集合体)で、その高さは3メートルにもなるという世界最大の花なのです。しかもこれ、花が咲くこと自体が極めてまれな上に、咲いて2日目には閉じ始めるというシロモノなので、もうレア中のレアな花。そのため開花の度にこの花を一目見ようと大量に人が押し寄せるそうですが、週末に合わせて開花するとはずいぶん空気の読めてる花のようです(ぉ 写真はwikipediaから そしてこの花、巨大でレアなこと以外にも有名なことがあります。それは「非常に臭い」ということ。開花時から肉の腐ったような強烈なにおいを発するため、その変な形と相まって『世界で最も醜い花』にも認定されてるそうです。 これだけ強烈なにおいだといったいどう
57年間1400世代の結晶「暗黒バエ」のゲノムには約5%の変異 - 京大らが確認
京都大学(京大)は3月15日、同大学が57年間1400世代にわたって暗闇で継代飼育してきたショウジョウバエ、通称「暗黒ショウジョウバエ(暗黒バエ)」の全ゲノム(遺伝情報)を解読し、野生型と比較して5%の変異があることを確認したと発表した。 成果は、京大理学研究科生物科学専攻グローバルCOE特別講座の布施直之研究員らと、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所、ハーバード大学の研究者らの国際共同研究グループによるもの。詳細な内容は、米オンライン科学誌「PLoS ONE」に米国太平洋時間3月14日付けで掲載された。 生物は地球上のさまざまな環境に適応し進化してきた。チャールズ・ダーウィンは「自然選択」という進化のメカニズムを提唱したが、進化の分子メカニズムには未だ多くの謎が残されている。そこで、布施研究員ら研究グループは今回、暗黒バエの全ゲノムを解読して、環境適応の分子メカニズムに迫る研究を行
腸内細菌の脂肪酸代謝を解明 －腸内細菌と食事のバランスによる生活習慣病予防への新たな視点－
小川順 農学研究科教授、岸野重信 同助教、島 純 同特定教授（微生物科学寄附研究部門）、植田和光 物質－細胞統合システム拠点（iCeMS＝アイセムス）教授らの研究グループは、清水昌 京都学園大学教授、有田誠 東京大学薬学系研究科准教授、新井洋由 同教授、國澤純 医薬基盤研究所プロジェクトリーダー、清野宏 東京大学医科学研究所客員教授らとともに、腸内細菌における脂肪酸代謝の詳細を解明し、その代謝で特徴的に生じる脂肪酸が宿主の脂肪酸組成に影響を与えていることを世界で初めて明らかにしました。 この研究成果は、米国科学アカデミー紀要（Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America）の電子版（米国東海岸標準時2013年10月14日）に掲載されました。 背景 肥満にともなう脂質代謝異常症や
犬が持つ4つのDNA情報を分析し犬種ごとに分類するとこんな感じになる
By Allert Aalders 犬のDNAを分析した結果、遺伝的類似性は大きく4つのグループに分けられることが判明、犬種ごとの遺伝的類似性がグラフ化されています。 How to Build a Dog - Family Ties - Pictures, More From National Geographic Magazine http://ngm.nationalgeographic.com/2012/02/build-a-dog/dog-families-graphic 犬には、大きく分けて4つの遺伝的類似性があり、それは、以下の通りに分類できます。 ◆1：WOLFLIKE オオカミに最も近いDNAを持つのが「WOLFLIKE(ウルフライク)」です。ウルフライクはアジア、アフリカ、中東に起源があり、最も古くから飼われていた種であると推定されています。 ◆2：HERDERS シェッ
トキ、ペリカンの仲間でした…日本鳥学会が変更 （読売新聞） - Yahoo!ニュース
国の特別天然記念物トキを含むトキ科の分類について、日本鳥学会がこれまでのコウノトリ目から、ペリカン目に変更したことがわかった。 近年のＤＮＡ解析で、ペリカンに近いことがわかったため。環境省は「分類が変わっても保護の位置づけには全く影響ない」としている。 生物の分類では「科」の上に「目」があり、トキはコウノトリに外見が似ていることから、コウノトリ目トキ科とされていた。 ところが、米国チームによるＤＮＡ解析で、コウノトリよりペリカンに近いことが判明。同学会は昨年９月、日本鳥類目録の改訂で、ペリカン目トキ科に変更した。 トキの野生復帰に取り組む環境省佐渡自然保護官事務所の長田啓・首席自然保護官は「トキがペリカンのグループだったとは意外。分類が変わっても野生復帰を着実に進めることに変わりはない」と話す。
「牛肉ハンバーグ」に馬肉？ アイルランドのスーパー
（ＣＮＮ） アイルランドの食品安全当局は１５日、同国のスーパーマーケットで販売されている「ビーフハンバーグ」の肉から、馬や豚のＤＮＡが検出されたことを明らかにした。 ２７品目のサンプルのうち、１０品目から馬のＤＮＡ、２３品目から豚のＤＮＡが見つかったという。 これらの肉はアイルランド２カ所、英国１カ所の食肉工場で加工され、複数のスーパーマーケット・チェーンが販売していた。アイルランド当局は「原料の追跡可能性に懸念が生じるものの、健康上のリスクはない」との見方を示した。 馬肉が混入していた１０品目のうち、９品目からはごく微量のＤＮＡが検出されたのに対し、英大手スーパー「テスコ」のサンプル１品目では、馬の肉が２９％を占めていた。テスコは同じ供給元からの商品をすべて店頭から撤去し、調査への協力を表明した。 アイルランド食品安全当局の責任者は、食肉工場では１カ所で何種類かの肉を処理することから、豚
人間はみなバグだらけ。完璧な人間なんていないことが遺伝子解析で証明される
人間はみなバグだらけ。完璧な人間なんていないことが遺伝子解析で証明される2012.12.26 12:3015,201 satomi ｢完璧な人間なんかいないさ｣と人を慰めることありますけど、あれって本当だったのね！ 英ケンブリッジ大学が179人のヒトゲノムを解読してみたら、本当に完璧な人間がひとりもいないことがわかりました！ DNAには欠陥があって無害なものもあれば病気となって現れる場合もある...というのはみなさんもご存知だと思いますが、｢平均的な人間はどれぐらいの欠陥を持ってるものなのか？｣という部分はこれまで曖昧なままでした。 ケンブリッジ大学のクリス・タイラー-スミス（Chris Tyler-Smith）博士はNPR放送にこう話してます。 ｢これは非常に面白い問題ですね。長年、間接的なアプローチによる推定の試みはなされてきました。重病が絡む変異体の推定数は、ほんの一握りしかないとい
―磁性細菌の驚異的高速遊泳を可能にする水平連結六方７連べん毛モーター 仕組み解明！現代のハイテク技術も及ばない高性能モーター― — 大阪大学
ホーム 最新情報 研究成果リリース 2012年 11月 ―磁性細菌の驚異的高速遊泳を可能にする水平連結六方７連べん毛モーター 仕組み解明！現代のハイテク技術も及ばない高性能モーター― リリース概要 大阪大学大学院生命機能研究科のJuanfan Ruan研究員、加藤貴之助教、難波啓一教授と、フランスCNRSのLong-Fei Wuらの共同研究グループは、電子線クライオトモグラフィー法※2により、驚異的な速度で高速遊泳する細菌が持つ7連のべん毛モーターの仕組みを解明しました。 研究の背景と内容 大腸菌などの細菌は、べん毛と呼ばれるらせん状の運動器官を数本持ち、それを根元にあるべん毛モーターで回転させることで水中を自由に泳ぐことができます。べん毛モーターは直径45ナノメートル程度の極めて小さなモーターですが、大腸菌やサルモネラ菌の場合、約2万 rpmというF1マシンのエンジンに匹敵する速度で回転
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