スパコンによる大規模分子動力学計算の現状
はじめに 最近、以下の新しい論文を投稿しました。 Effects of polymers on the cavitating flow around a cylinder: A Large-scale molecular dynamics analysis 高分子が円柱を過ぎる流れに対して与える影響を分子動力学法で解析したものです。私も共著者には入っていますが、筆頭著者である浅野さんが中心となって計算、解析したものです。 計算規模は、概ね100ノード20万コア5億原子100時間/1ランを複数回実行するくらいです。この論文は物理の論文ですが、本稿ではこの計算の「大きさ」についてつらつら書いてみようと思います。 分子動力学法の計算コスト この論文で用いられている計算手法は分子動力学法(Molecular Dynamics method, MD)と呼ばれるもので、原子の間に働く力を計算し、位置を
７９３億円もかかったのに スパコン京、移設や再利用が「不可能」な理由（神戸新聞NEXT） - Yahoo!ニュース
神戸・ポートアイランドのスーパーコンピューター「京（けい）」の電源が落とされる８月３０日まで、２カ月余りとなった。理化学研究所（理研）は９月以降に解体を始め、同じ場所に後継機となるスパコン「富岳（ふがく）」を整備するという。開発費などで７９３億円もかかった「京」のハードウエアは、移設したり一部を活用したりできないのか？ 理研計算科学研究推進室を取材すると、家庭用パソコンとは異なる、スパコンの特殊性が浮かび上がってきた。（霍見真一郎） 【写真】計算科学研究への寄付お礼に 京の部品プレゼント 京は、理研と富士通が開発。世界で初めて毎秒１京回（京は兆の１万倍）を超える計算速度を達成し、本格稼働前の２０１１年にランキングで世界一になった。１２年６月に米国のスパコンに抜かれ、１８年１１月現在では世界１８位。しかし、国内ではトップ３に入り、依然として高性能であることに変わりはない。 このままどこかに移
式が書ければ「京」が使える | 理化学研究所
要旨 理化学研究所（理研）計算科学研究機構コデザイン推進チームの村主崇行特別研究員らと、千葉大学の堀田英之特任助教、神戸大学の牧野淳一郎教授、京都大学の細野七月特任助教、富士通株式会社の井上晃マネージャーらの共同研究グループ※は、スーパーコンピュータ「京（けい）」[1]を用いて、数式のような簡潔な指示を書くだけでスーパーコンピュータでの計算に必要となる高度なプログラムを自動生成できるプログラミング言語「Formura」を開発しました。 スーパーコンピュータでの計算に必要となるプログラムはときに数十万行にも及び、作成やチューニングは大変困難です。一方で、原理的にはシミュレーションしたい自然現象とその離散化法[2]を指定すれば、プログラムは機械的に生成できます。しかし、プログラミングはシミュレーションとコンピュータ双方に深い知識が必要となる非常に高度な作業であり、多数の計算機を協調して動作させ
京速コンピューターをなぜつくるのか？
スパコンとは精密計算科学／数値シミュレーションを行う研究者達にとっての基本インフラです。 10年単位で計画されているもので、鉄道や電気と同様に、 突然なくなると大変な事態になる事はどうか把握しておいてください。 スパコンを使っている人一般企業残念ながら京速を使っている企業は公開されていないようですが、 地球シミュレーターの利用企業からなんとなく推測できます。平成23年度まで常連だったトヨタ、住友などが京速稼働以降姿を消しています。スカラーマシンに適応した計算が京速に移行したカンジでしょうか。 基本的に有料で使用されており、得られた結果は企業秘密として扱われ公開されません。 (追記： 京速ではなく HPCI ですがこちらの産業利用をクリックすると論文リストが見れるようです。参考までに) 大学／研究所の研究者一般に、スパコンでは年1~２回の公募があり、そこに申請します。研究者向けに言うと「科研
理研とスパコン ～今だからこそ、あの時の仕分けを振り返る～（伊藤伸） - エキスパート - Yahoo!ニュース
一連の小保方騒動に関して、小保方氏本人や共著者、所属する理化学研究所などについて、様々な論評がなされている。その中には、過去、理研や「スパコン」について政府が行った「事業仕分け」を引用している記事も少なくない。 私は当時、行政刷新会議事務局で事業仕分けの運営や仕分け作業のコーディネーターを務めていたのだが、引用されている記事やtwitterの中には、誤解や曲解されているものも目立つので、あの議論は一体何だったのか、この機会を捉えて整理したい。 なお、ここで記載する内容は、誰かの肩を持つことや逆に貶めることを意図しているものではなく、当時現場にいた一人として、また事業仕分けという手法を発明した構想日本に所属する身として、事実を伝えることを目的としたものである。 平成21年11月の事業仕分けの対象事業として取り上げられ、蓮舫議員の「2位じゃダメなんですか」で国民誰もが知るところとなった「次世代
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